A pequena povoação de Lagoa de Pedras existente em terras do municipio de Goianinha, nas últimas décadas do século XIX, teve seu desenvolvimento favorecido por estar localizada numa área onde passavam os caminhos de escoamento da produção rural da região. Situado no centro do setor produtivo da região e dispondo de boas terras para o desempenho das atividades pecuárias e para o cultivo da agricultura, o povoamento se denvolvia com rapidez.
Na criação do municipio de Santo Antônio, em 1890, o povoado de Lagoa de Pedras passou a pertencer a seu território.
Mas o municipio de São José do Mipibú contestou essa decisão e, por vinte anos, reivindicou a posse do importante povoado de grandes propriedades, que já era distrito policial na época. Lagoa de Pedras continuou se desenvolvendo enquanto Santo Antônio e São josé do Mipibú disputavam seu território.
Na localidade foram construidas: uma capela, em homenagem a São Francisco; uma escola de ensino primário; e um cemitério. Passou a ter feira, muitas plantações e o beneficiamento de algodão. Em virtude do nível de progresso econômico alcançado, foi instalada uma agência fiscal na localidade, no ano de 1942.Em 10 de maio de 1962, pela lei nº 2.779, sancionada pelo então Governador do Estado, dr. Aluizio Alves, Lagoa de Pedras foi desmembrado de Santo Antônio tornando-se um novo município do Rio Grande do Norte.
Localizado na Região Agreste Potiguar, o município de Lagoa de Pedras está a uma distância de 51 quilômetros de distância da capittal, com uma área de 118 quilômetros quadrados de extensão, onde vivem 7.390 pessoas, sendo 2.371 no setor urbano e 5.019 na zona rural. Lagoa de Pedras limita-se com Brejinho, Monte Alegre, Lagoa Salgada, Boa Saúde, Santo Antonio e Serrinha.
Sua economia continua sendo voltada para as atividades de agricultura e pecuária. O artesanato local trabalha com confecção de chapéus e esteiras da palha da carnaúba. O abastecimento d'água da cidade é feito pela Adutora Monsenhor Expedito, com captação na Lagoa do Bonfim, que também atende a várias cidadees da região.
O municipio conta ainda com o Açude Pajuçara que tem capacidade para quase 2 milhões de metros cúbicos d'água.
A festa do padroeiro, São Francisco de Assis, que ocorre no dia 04 de Outubro, é o principal evento da cidade, momento de confraternização de todos os filhos da terra e a presença de devotos de vários lugares.
